La serie se desarrolla varias décadas después del manga original que protagoniza Yugi Muto, el nuevo protagonista se llama Yūsei Fudō y conduce una especie de moto roja, a la cual denominan D-Wheel, uniéndose a Yūsei Fudō 


están sus amigos Rua y Ruka, el rival de Yūsei Fudō es Jack Atlas, rey de los duelos,

y otra protagonista es Izayoi Aki, también conocida como la bruja de la rosa negra (Folklore) quien es una chica misteriosa que puede invocar poderes supernaturales durante los duelos.


Ahora la Ciudad Domino, hogar de Yugi Muto , ha cambiado. Ahora se llama La nueva Ciudad Domino (Neo Domino City)

Existe una peq
ueña plataforma llamada: Satélite. Este es el hogar del nuevo protagonista,y sus habitantes están destinados al reciclaje de basura de Neo Domino.

Yūsei tiene el deseo de buscar a Jack Atlas para aclarar las cosas del pasado.